12 grudnia 2012 r. regionalny dyrektor ochrony środowiska wydał decyzję o środowiskowych uwarunkowaniach dla przedsięwzięcia realizowanego pod nazwą "Budowa odcinka linii kolejowej od stacji Modlin do Mazowieckiego Portu Lotniczego (MPL) Warszawa/Modlin oraz budowa stacji kolejowej Mazowiecki Port Lotniczy (MPL) Warszawa/Modlin". Dzięki niej 17 grudnia samorząd województwa mazowieckiego mógł złożyć do wojewody mazowieckiego wniosek o wydanie decyzji o ustaleniu lokalizacji dla tego przedsięwzięcia, jeszcze w trybie ustawy dotyczącej Euro 2012.
Jednak wojewoda mazowiecki postanowieniem z 23 stycznia 2013 r. odmówił wszczęcia postępowania w tej sprawie. W jego ocenie nie można już stosować wspomnianej ustawy w wydawaniu decyzji administracyjnych. Zgodnie z opinią prawną uzyskaną przez urząd marszałkowski inwestycje, które zostały wpisane na listę przedsięwzięć Euro 2012 przed rozpoczęciem turnieju finałowego, a które nie zostały ukończone, mogą nadal być realizowane na mocy tego prawa.
W związku z tym samorząd województwa mazowieckiego złożył zażalenie na postanowienie wojewody. Od wydania decyzji o ustaleniu lokalizacji przedsięwzięcia Euro 2012 uzależniony jest termin wszczęcia postępowania dotyczącego wyłonienia wykonawcy w systemie „projektuj i buduj” dla bocznicy w Modlinie.